大日本銀行から埋蔵金を盗み出す犯行前日、ルパンたちは行く先々で警官隊の強襲に合う。銭形警部の最終究極作戦「アジト壊滅作戦」がルパンを追い詰める！

ＦＢＩと警視庁は、合同のコンピュータを駆使したルパン逮捕計画を公表。あえて挑発に乗ったルパンだが、行動を的確に予測され術中にはまってゆく。

ルパンが、ある少女を連れて逃げた。その父親はかつてルパン二世の相棒で、今は引退した金庫破り。人質として囚われていたのを恩返しで助けたはずが…

ルパンの犯行に酷似した窃盗事件が相次いだ。犯人を尾行して辿り着いた先は、泥棒を生業とする住民の島。そしてルパン家に由来ある秘伝書がそこに…

ルパン家と確執を持つガニマール家の三代目子孫が来日。アルセーヌルパンの遺品を囮に、逮捕を狙う。その挑戦に受けて立つルパン。三世ＶＳ三世、因縁の対決！